1.Reiter综合征和牛皮癣关节炎 两病均可发生脊柱炎和骶髂关节炎，但脊柱炎一般发生较晚，较轻，椎旁组织钙化少，韧带骨赘以非边缘型为主（纤维环外纤维组织钙化），在相邻两椎体间形成部分性骨桥与强直性脊柱炎的竹节样脊柱不同；骶髂关节炎—般为单侧性或双侧非对称性，骨突关节病变少见，无普遍性骨质疏松。另外，Reiter综合征有结膜炎、尿道炎、粘膜皮肤损害，牛皮癣关节炎则有皮肤银屑病损害等可供鉴别。

　　2.肠病性关节炎 溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肠原性脂肪代谢障碍(Whippe)都可发生脊柱炎，且肠病性关节病受累关节和X线改变与强直性脊柱炎相似而不易区别，因此需要寻找肠道症状和体征，以资鉴别。溃疡性结肠炎的结肠粘膜溃疡，水肿及血性腹泻；局限性肠炎的腹痛、营养障碍及痿管形成；Whipple病的脂肪泻，急剧消瘦等，都有助于原发性疾病的诊断。肠病性关节病HLA-B27阳性率低，Crohn病病人肠灌注液IgG增高，而强直性脊柱炎病人肠灌液中IgG基本正常。

　　3.反应性关节炎 常继发于身体其他部位感染后出现，一般可以发现感染灶，抗生素有效。